L’expression « l’eau du Baïkal » est déjà devenue une marque mondialement connue : un étalon de la pureté et de la qualité d'eau potable. La température de l’eau reste presque toujours la même, +4˚С et ne se chauffe jusqu’à +22-24˚С que dans les baies en juillet et en août. En hiver la température de l’eau au-dessous de la glace ne dépasse jamais +0,2˚С.
D’après sa composition chimique l’eau est presque distillée. Un litre d’eau ne contient que 20 mg de substances minérales, c’est pourquoi il n’y a jamais de dépôt de tartre dans les bouilloires et les machines à laver des Irkoutiens et habitants des bords du lac. L’eau est extrêmement transparente, on peut voir un disque blanc à une profondeur de 40 m.
Le niveau général de l’eau du Baïkal diminue avec le temps et a presque déjà atteint les indices qu’il avait avant la construction de la centrale hydroélectrique. A travers tout le bassin du lac ce niveau varie de 1m. Une telle variation s’explique essentiellement par l’influence du vent qui déplace les masses d’eau. Le Baïkal ne connaît pas de marée comme tous les autres bassins intérieurs. Il n’y a presque pas de courants, on ne peut les observer que le long du rivage et leur influence est insignifiante.
