Par définition, les virus mutent en permanence pour s’adapter aux hôtes qu’ils viennent contaminer. Plus les virus se répandent et plus ils doivent muter afin de rester toujours "performants". Mais lorsque les virus se multiplient dans les cellules, leur "recopiage" peut induire des changements de leur séquence génétique. On parle alors de "variants" ou de "souches variantes" pour désigner des souches virales sur lesquelles se sont fixées plusieurs mutations.
Si ces mutations sont sans incidence la plupart du temps, certaines peuvent permettre aux virus de pénétrer plus facilement dans les cellules, de s'y multiplier plus vite et de devenir plus contagieux. Encore mal connus par la communauté scientifique, ces souches variantes du coronavirus pourraient mettre à mal l’immunité développée par les patients ayant déjà été contaminés par la Covid-19 et impacter l’efficacité des vaccins mis sur le marché.
- Que sait-on du variant "Mu" (B.1.621) identifié en Colombie ?
Un variant colombien pourrait-il être responsable d’une nouvelle vague de l’épidémie de Covid-19 ? Le variant "Mu" a été détecté pour la première fois en Colombie au mois de janvier. Depuis, il a été signalé dans une trentaine de pays.
En France métropolitaine, ce variant B.1.621 et son sous-lignage B.1.621.1 ont été repérés en mai dernier. Dans son dernier bilan hebdomadaire (26 août), Santé Publique France recensait 105 cas à travers le pays. Aucun d'entre eux n'a cependant été détecté lors des deux dernières enquêtes Flash de séquençage, note l'organisme.
Pour le moment, ce variant est classé comme "variant à suivre" par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS). Au 29 août, 4 500 séquences ont été déposées sur GISAID (la plateforme dédiée de partage de données). La prévalence mondiale de ce variant parmi les cas séquencés a diminué et est actuellement inférieure à 0,1 %, a précisé la directrice de l'équipe technique Covid-19 à l'OMS, Maria Van Kerkhove, dans un tweet publié le 31 août.
Dans son dernier bulletin épidémiologique hebdomadaire sur l'évolution de la pandémie, l'OMS appelle cependant à la prudence : si la circulation est faible, la prévalence du variant "Mu" en Colombie (39 %) et en Equateur (13 %) "a constamment augmenté". Par ailleurs, l'organisme alerte sur des mutations qui pourraient indiquer un risque d'"échappement immunitaire" (résistance aux vaccins). Des études supplémentaires sont néanmoins nécessaires pour mieux comprendre ses caractéristiques.
En France, ce variant est classé comme un variant "en cours d'évaluation", selon Santé Publique France. "A l'heure actuelle on ne sait pas comment le B.1.621 se comportera par rapport à Delta et ce variant fait l'objet d'une surveillance attentive, même si une transmission accrue par rapport à Delta semble peu probable", note l'organisme.
- Variant C.1.2 : que sait-on de ce nouveau variant identifié en Afrique du Sud ?
Lundi 30 août 2021, l’Institut national des maladies transmissibles d'Afrique du Sud a émis une alerte au sujet d’une “lignée C.1.2” du Sars-CoV-2, qui mériterait une surveillance accrue selon l’organisme. L’Institut indique que ce nouveau variant du Sars-CoV-2 a été détecté dans toutes les provinces d’Afrique du Sud, bien qu’à des taux relativement faibles.
Dans une étude scientifique pré-publiée mais en attente de validation par des pairs, une équipe de chercheurs sud-africains apportent des éléments sur ce C.1.2. Si l’Organisation mondiale de la Santé ne juge pas ce variant comme étant "préoccupant" ou "d’intérêt", ce pourrait changer si l'on en croit les chercheurs, du fait des particularités de ce variant. Car malgré son faible taux de présence dans la population, ce variant possède des mutations dans son génome qui sont similaires à celles observées dans des variants d’intérêts ou préoccupants, tels que le variant Delta.
Sur les 5 756 génomes analysés ici, 54 sont issus de la lignée C.1.2. Si la majorité des cas avérés d’infection par ce variant ont été détectés en Afrique du Sud, les chercheurs indiquent avoir répertorié des cas en Europe, en Asie ou encore en Océanie, sans plus de précision. A ce jour, ce variant n’a pas été rapporté comme présent dans l’Hexagone selon les autorités de santé françaises.
L’étude a rapporté "des augmentations constantes de génomes C.1.2 en Afrique du Sud sur une base mensuelle, passant de 0,2% des génomes séquencés en mai à 1,6% en juin, puis à 2% en juillet". Une progression semblable à celles observées lors de l’émergence des variants Beta et Delta en Afrique du sud.
L’inquiétude des chercheurs vient notamment des mutations N440K et Y449H présentes dans le génome du C.1.2, lesquelles sont associées à un risque d’échappement immunitaire. En clair, les vaccins actuellement commercialisés dans le monde pourraient ne pas suffire à développer une immunité suffisante contre ce variant-ci. Le fait d’avoir déjà contracté la Covid-19 récemment pourrait également ne protéger que partiellement.
Le C.1.2 "contient un certain nombre de mutations clés que nous voyons dans d'autres variants qui sont devenus des variants d'intérêt ou de préoccupation", a déclaré le Dr Megan Steain, virologue et maîtresse de conférence en immunologie et maladies infectieuses à la Central Clinical School de l'Université de Sydney (Asutralie), interviewée par The Guardian. "Chaque fois que nous voyons ces mutations particulières apparaître, nous aimons garder un œil dessus pour voir [comment cela va évoluer]. Ces mutations peuvent affecter plusieurs choses, comme le fait d’échapper ou non à la réponse immunitaire ou de se transmettre plus rapidement", a-t-elle précisé.
La scientifique a ajouté qu’il faudra d’autres travaux en laboratoire pour mieux connaître ce variant et essayer d’en prédire l’évolution.
- Que sait-on du variant lambda (C37), identifié au Pérou ?
Selon l'OMS, le variant dit "Lambda" a été détecté pour la première fois à Lima, au Pérou, en août 2020. Il est considéré comme un variant d'intérêt (VOI) depuis le 14 juin 2021, car il "a été associé à des taux substantiels de transmission communautaire dans de nombreux pays, avec une prévalence croissante dans le temps, parallèlement à l'augmentation de l'incidence du Covid-19", indique l'Organisation mondiale de la Santé.
Il est porteur de plusieurs mutations susceptibles avoir un impact sur la transmissibilité ou l'échappement à la réponse anticorps neutralisante (notamment L452Q, F490S, del247-253). "La 'combinaison inhabituelle' des mutations portées par le variant Lambda fait notamment craindre à de nombreux scientifiques qu’il puisse être plus transmissible", confirme Tara Hurst, spécialiste en science biomédicale à la Birmingham City University, dans un article publié par The Conversation.
Le variant Lambda est-il plus dangereux que la souche originale ?
Actuellement, les preuves scientifiques disponibles pour répondre à cette question sont minces car aucune étude sur le variant Lambda n’a encore été réellement publiée, indique Tara Hurst. Deux études disponibles en preprint suggèrent que les vaccins actuellement utilisés resteront protecteurs contre le variant Lambda. "Le fait que ces deux études indiquent que la neutralisation par les anticorps est au moins partiellement conservée est prometteur, notamment parce qu’il ne s’agit que d’une des facettes de la réponse immunitaire induite par la vaccination", indique la spécialiste.
D'après deux études citées par Santé Publique France dans son analyse des risques du 15 juillet, il n'y a pas "d'élément probant en faveur d'un impact notable sur l'efficacité vaccinale", même si les deux études utilisant des pseudotypes "suggèrent une augmentation de son pouvoir infectieux et de l'échappement à la réponse neutralisante post-infection et post-vaccinale supérieurs à ceux de virus de référence." Toutefois, la communauté scientifique ne dispose pas encore de suffisamment de données et d'études pour évaluer la résistance du variant Lambda aux vaccins à ARN messager de Pfizer/BioNTech et de Moderna. En revanche, selon une étude de l'université de Chili, l'efficacité du vaccin chinois, CoronaVac, contre le Covid-19 est réduite de 3,05 fois dans le cas du variant Lambda, contre 2,33 pour le variant Gamma et 2,03 pour le variant Alpha.
- Que sait-on du variant Delta : contagion, diffusion, dangerosité ?
Les données de séquençage confirment que le variant Delta (lignage B.1.617) est le variant majoritaire en France métropolitaine depuis la semaine du 5 juillet (semaine 26). Il représente la quasi-totalité des virus circulant sur le territoire métropolitain, avec 98 % des virus séquencés sur les prélèvements interprétables de l’enquête Flash #19 du 10 août. En Outre-mer, les données de criblage et de séquençage indiquent également la prédominance de Delta, dont la proportion continue d’augmenter dans tous les territoire.
Il a été identifié pour la première fois à l’automne 2020 dans la région de Nagpur, en Inde. À date, tous les pays d'Europe y sont confrontés. Selon les dernières données de GISAID, la majorité des cas de B.1.617 sont identifiés en Inde, au Royaume-Uni, aux Etats-Unis, en Allemagne et à Singapour.
Ce lignage inclut trois sous-lignages, caractérisés par les mutations L452R et P681R :
- B.1.617.1 (Kappa, VOI),
- B.1.617.2 (Delta, VOC), le plus fréquent en France,
- et B.1.617.3.
Quelles différences entre les trois principaux variants indiens ?
Chacun des variants indiens implique un risque différent, selon le Conseil scientifique (avis du 24 mai 2021) :
- Le sous-lignage B.1.617.2 (variant Delta), qui ne présente pas la mutation E484Q (contrairement à ce qui avait été initialement annoncé), est le lignage le plus fréquemment détecté en France et en Europe. A noter qu’il comporte également des mutations spécifiques additionnelles pouvant lui conférer un avantage de transmissibilité supérieur aux deux autres lignages (L452R associée à T478K en l'absence de mutation E484Q). Il est classé VOC depuis le 12 mai par l'OMS.
- Le sous-lignage B.1.617.1, (variant Kappa) qui présente aussi la combinaison des deux mutations, a été détecté en Europe et en France, mais à une fréquence faible en comparaison du lignage B.1.617.2. Parmi les trois virus, c'est celui qui présente la différence antigénique la plus importante par rapport à la souche historique "Wuhan" et donc un risque d’échappement immunitaire. Il est classé VOI.
- Le sous-lignage B.1.617.3, qui présente la combinaison des mutations L452R (pouvant être associée à une augmentation de la transmissibilité du virus) et E484Q (responsable de l’échappement immunitaire partiel post-infectieux et post-vaccinal) a très peu diffusé en Inde et hors de l’Inde.
Le variant Delta "40 à 60 % plus transmissible" que le variant Alpha
Il est encore difficile de se prononcer sur l’échappement immunitaire (c’est-à-dire qui échappe à la réponse immunitaire induite par une précédente infection ou par un vaccin) lié au variant Delta, mais sa transmissibilité encore plus forte par rapport aux autres variants semble se confirmer.
"Ce variant se caractérise par unecompétitivité accrue par rapport aux autres variants, notamment le variant Alpha. Il est plus transmissible que les virus historiques (environ 2 fois plus) et que les VOC Alpha (environ 40 à 60 % plus transmissible), Beta (environ 60 %) et Gamma (environ 30 %)", indique Santé publique France dans une analyse de risque parue le 28 juillet. Et d'ajouter : "parmi les facteurs possibles pouvant expliquer cette augmentation de la transmissibilité de Delta, plusieurs sources de données différentes indiquent une augmentation de la charge virale dans le nasopharynx chez les personnes infectées par rapport à Alpha et autres souches virales de référence."
"Une étude récente menée sur un nombre réduit de personnes suggère un raccourcissement de l’intervalle générationnel de Delta par rapport aux souches de référence (4 jours versus 6). Des données britanniques, canadiennes et de Singapour indiquent une augmentation du risque d’hospitalisation et de formes sévères en lien avec ce variant par rapport au VOC Alpha et autres souches de référence", précise encore l'organisme.
Le variant Delta, aussi contagieux que la varicelle selon les autorités américaines
Le variant delta n’est pas plus responsable de forme grave de Covid-19 chez l’enfant
Le variant Delta, plus dangereux pour les femmes enceintes, selon une étude pré-publiée.
- Tout savoir sur le variant Alpha (20I/501Y.V1)
Signalé le 14 décembre 2020 à l’Organisation mondiale de la santé (OMS), le variant 20I/501Y.V1 (variant Alpha), est apparu en Angleterre au mois de septembre 2020. En France métropolitaine, le VOC Alpha ne représentait que 0,2% des séquences interprétables lors de l’enquête Flash #17 (27/07/21 - données préliminaires), selon la dernière analyse de risques de Santé publique France.
Plus contagieux, le variant anglais serait plus mortel
"Ce variant est associé à une transmissibilité accrue (de 43 à 90 %) et possiblement à une forme plus sévère de la maladie, à un plus haut risque d’hospitalisation (40-64 %) et à une mortalité plus élevée (30-70 %)", indique Santé publique France dans son bilan hebdomadaire du 29 avril. Selon une enquête publiée fin janvier 2021 par l'Office national des statistiques, cette souche aurait en effet tendance à exacerber les symptômes "traditionnels" de la Covid-19 (toux, fatigue, courbatures). En revanche, la perte du goût (agueusie) et perte de l'odorat (anosmie) semblent moins fréquentes.
Une étude anglaise, publiée en mars 2021 dans le British Medical Journal, affirme que le variant anglais est entre 30 et 100% plus mortel que la souche historique du SARS-CoV-2. Les scientifiques ont comparé les taux de mortalité chez les personnes infectées par le variant anglais et celles infectées par d'autres souches, entre novembre 2020 et janvier 2021, lorsque le virus classique et ce nouveau variant étaient présents au Royaume-Uni. Cette analyse comparative a permis de constater que les personnes infectées par ce nouveau variant étaient 64 % plus susceptibles de mourir (une augmentation du nombre de décès de 2,5 à 4,1 sur 1 000 cas détectés). "Dans la communauté, la mort par infection Covid-19 est encore un événement rare, mais le variant anglais augmente le risque. En plus de sa capacité à se propager rapidement, cela fait de lui une menace à prendre au sérieux".
Chiens et chats peuvent être contaminés par le variant Alpha, dit variant anglais
Le variant britannique du Sars-CoV-2, appelé B.1.1.7 a été détecté pour la première fois en février 2021 chez un chien et un chat issus du même foyer, dans le comté de Brazos, au Texas (États-Unis). "Parce que ce virus peut se propager entre les humains et les animaux, il est important que les personnes atteintes de la Covid-19 restent à l'écart des animaux domestiques et des autres animaux, tout comme elles le font envers d'autres personnes, afin d'éviter la propagation de ce virus aux animaux", a déclaré dans un communiqué le Dr Casey Barton Behravesh, directeur du Bureau One Health du CDC, les autorités de santé américaines.
En clair, l’application des gestes barrière vaut aussi pour les interactions humain-animal, en cas de test positif. On veillera notamment à bien se laver les mains avant de toucher et après avoir caressé son animal, et idéalement porter un masque pour éviter de le contaminer. Sur la base des informations disponibles à ce jour, le risque de transmission du coronavirus des animaux de compagnie vers l’homme est considéré comme faible
- Tout savoir sur le variant Beta (20H/501Y.V2)
Le variant Beta, 20H/501Y.V2, a été détecté en Afrique du Sud au mois de décembre 2020. Les résultats des séquençages génétiques indiquent sa présence depuis le mois de novembre 2020. Sa présence régresse depuis le mois de juillet, avec une prévalence inférieure à 1% depuis Flash #15 et aucune détection dans Flash #17.
Ce variant repose sur la mutation E484K qui agit directement sur la protéine Spike. Problème, cette nouvelle version du virus semble diminuer la reconnaissance du virus par les anticorps. Il provoque les mêmes symptômes que la version initiale du virus.
"Des études préliminaires suggèrent que ce variant est associé à une transmissibilité plus élevée de 50 % et un risque plus élevé d’échappement immunitaire et de réinfection. Certaines recherches indiquent un risque accru de décès à l’hôpital de l’ordre de 20 %. Ce variant aurait la capacité d’échapper à la réponse immunitaire post-infection et post-vaccinale, et pourrait par conséquent accroître le risque de réinfection", indique Santé publique France.
- Tout savoir sur le variant Gamma (20J/501Y.V3)
Identifié début février en France, le variant Gamma, 20J/501Y.V3, aurait émergé courant décembre 2020 à Manaus (Brésil). Comme le variant sud-africain, il présente la mutation E484K qui pourrait lui permettre d’échapper partiellement à la réponse immunitaire de l’organisme.
"Gamma circulait davantage pendant plusieurs semaines (entre 1,5% et 1,9% dans les enquêtes Flash #13 à #15), mais a diminué pendant les deux derniers Flash #16 et #17 (0,3% et 0,5%, 9 et 2 détections)". Et d'ajouter : "En Guyane, Gamma qui connaissait une recrudescence épidémique depuis fin-mars, avec une prévalence de 80-95 % de mars jusqu’en mi-juillet, a fortement diminué dernièrement (33 % des tests criblés était positifs à la mutation E484K en S31)."
"Plusieurs études montrent une transmissibilité plus importante par rapport aux souches autres que variantes (de 40 à 120 %). De plus, ce variant aurait la capacité d’échapper à la réponse immunitaire induite par un premier contact avec des souches d’origine, et pourrait par conséquent accroître le risque de réinfection", précise Santé publique France.
L’impact de la vaccination sur ce variant est toujours à l’étude. Selon de premières données, ce variant brésilien présente deux mutations E484K et N501Y sur la protéine Spike. La première permettrait aux virus d'échapper aux anticorps lors d'une réinfection ou après une vaccination.
