Les médecins, s'ils le peuvent, tentent d'éviter le traitement par antibiotique afin que l'organisme puisse se défendre seul. Les antibiotiques permettent de soigner les infections pour éviter que la maladie empire. Si l'état s'est profondément dégradé, une hospitalisation se révèle nécessaire. Mais les humains ne sont pas égaux face aux traitements et notamment les antibiotiques, dont les premiers à base de pénicilline sont apparus dans les années 1940. Certaines personnes les rejettent et résistent. La phagothérapie leur est donc destinée.
Les bactéries, comme les colibacilles ou des bactéries responsables de graves infections nosocomiales, l’acinetobacter ou le bacille pyocyanique, résistent de plus en plus aux médicaments. Les antibiotiques sont responsables de 25 000 décès en Europe lorsqu'ils ne peuvent pas soigner. Cela peut être dû à une mauvaise prescription, comme traiter une infection virale et non bactérienne, une utilisation abusive. Les bactéries vont donc résister et se protéger face au traitement antibiotique qui ne peut plus les pénétrer. La bactérie produit des substances détruisant ce traitement.
La phagothérapie est un ancien traitement datant des années 1920, dorénavant d'avant-garde, permettant de tuer les bactéries. Elle est composée de virus naturels, bactériophages. Pour survivre, ils tuent certaines bactéries, celles responsables de l'infection, en préservant les cellules. La bactérie, à l'origine de l'infection, doit être identifiée. Le laboratoire teste l'efficacité du bactériophage à sélectionner pour combattre l'infection. Dès qu'il est dans le corps, le virus s'attaque directement au foyer ciblé. Le traitements'administre sous forme d'ampoule, qui peut se conserver de nombreux mois. Une seule dose suffit mais plusieurs peuvent être utilisées. Elles sont rapidement efficaces, encore plus renforcées avec certains antibiotiques. La phagothérapie peut entraîner maux de tête, douleurs hépatiques, de la fièvre, disparaissant sous 24 à 48 heures.
En France, la phagothérapie est à l'essai chez les grands brûlés. Elle est envisagée chez des personnes en échec de traitement sur des colibacilles et le bacille pyocyanique.