La couleur de l'eau peut être très variée en milieu naturel, et ces variations sont d'origines multiples. Elle est naturellement bleue de par ses propriétés d'absorption en raison de sa vibration moléculaire.
Alors que des quantités relativement faibles d'eau semblent incolores, l'eau pure présente une légère couleur bleue qui devient plus profonde à mesure que l'épaisseur de l'échantillon observé augmente. Les interactions des rayons lumineux avec les molécules d'eau, ainsi qu'avec la matière présente dans l'eau si elle est colorée et en quantité suffisante, confèrent à la surface une coloration. Cette matière peut être vivante, d'origine rocheuse ou organique.
La somme de toutes les interactions de l'eau avec son environnement explique la différence entre la « couleur apparente » qu'elle a en milieu naturel et la « couleur vraie » dans des conditions de laboratoire. La couleur de l'eau peut être mesurée grâce à l'échelle de couleur platine-cobalt.
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